További hírek		Az SGI átütő technológiája teszi lehetővé a génállomány-központok kutatásait világszerte Az SGI szerverekkel és tároló rendszerekkel a kutatók számára rövidebbé válik a betegségek gyógymódjainak és okainak felfedezéséhez szükséges idő. Bio-it világkonferencia és expo 2008, – A tudósok törekvései, hogy felgyorsítsák a különféle organizmusok génállományának rendszerezését - a halparazitáktól egészen a ráksejtekig - egy kísérletet jelentenek arra, hogy meghatározzák az emberiséget sújtó betegségek okait és azok gyógymódjait. Az SGI (NASDAQ: SGIC) átütő technológiát fejlesztett ki, amely világszerte elősegíti a génközpontok kutatását. Vezető intézmények – köztük az arizonai, Phoenix-i székhelyű Translational Genomics Research Institute, a selangori Malajsia Genome Institute és a shanghai-i China National Human Genome Center – az SGI nagyteljesítményű számítástechnikai- és tároló-megoldásaihoz fordultak, hogy létrehozzanak egy olyan optimális munkafolyamatot, amely a gyorsabb felfedezések érdekét szolgálja. „Az SGI technológiák izgalmas kombinációi a biológusok számára lehetővé teszik, hogy előbb érjenek el eredményeket a génállomány meghatározásában.” – mondta Ph.D. Deepak Thakkar, az SGI felsőfokú oktatási és kutatási szekciójának menedzsere. „A nemzetközi génközpontok az SGI-hez fordultak annak érdekében, hogy a vállalat elégítse ki egyedi számítástechnikai szükségleteiket és kívánságaikat a nagy számítási teljesítmény, skálázható méretű tároló- és gyorsító technológiák terén. Akár egy keresés többszöri ismételt futtatására szolgáló SGI klaszterről, akár az erős szervereken történő, nagyméretű adathalmazok kezeléséről, használatáról van szó, a biológusok bíznak az SGI-ben az eredmény gyorsabb elérésének érdekében.” A Translational Genomics Research Institute A Translational Genomics Research Institute (TGen) számára a betegségeket kiváltó, génállományon belüli különbségek és változások felfedezése jelenti a legfontosabb feladatot. A TGen a rák gyógymódjának kutatása során SGI technológiát alkalmaz, hogy ennek segítségével gyorsabban és hatásosabban vizsgálhassanak molekuláris jellegű adathalmazokat. Az intézetben már egy éve használják a Nemzeti Egészségügyi Intézet (National Institute of Health) pályázatán keresztül vásárolt SGI® Altix® 4700 rendszert, amely segítséget nyújt a TGen kutatói számára a génkészlet-változások megértésében (ez olyan folyamat, amelyhez hatalmas adathalmazok összevetésére van szükség), amely egyéni páciensekre szabva azonnal felhasználható a betegségek diagnosztizálásában és kezelésében. Amióta az SGI rendszer bevezetésre került, a TGen jelentős teljesítmény-növekedést figyelt meg a nagyméretű génprofilok adathalmazainak SGI Altix-on folyó vizsgálata során. „SGI Altix gépeken MPI párhuzamos program-könyvtárakat, illetve Intel icc fordítót használtunk, hogy összevessünk és optimalizáljunk kódokat.” – mondta Ph.D. Waibhar Tembe, a TGen tudományos programozója, aki aktívan részt vett különböző eszközök kifejlesztésében és kiértékelésében SGI Altix rendszereken. „A több tucat mintából kivont, nagyjából 8000 génből álló Melanoma génprofiljának adathalmazán végzett elemzés kimutatta, hogy a vizsgálat lefolytatásához szükséges idő 7 napról 7 órára csökkent, és több, statisztikailag jelentős géncsoport került azonosításra, amely azonban továbbra is vizsgálat tárgyát képezi a tudósok és biológusok számára. Nagyon optimisták vagyunk annak tekintetében, hogy az ilyen fejlesztések jelentősnek bizonyulnak majd az áttételes rákkutatások előremozdításában, és a jövőben segítenek a hatalmas adathalmazok vizsgálata során a tudósoknak a további lehetséges megoldások feltárásában.” A TGen saját, cégen belüli kódja hasznosítja az SGI Altix rendszer globálisan megosztott memóriájának számítástechnikai erejét, azért hogy olyan variációk után kutassanak, mint egy apró változás egy fehérjén, mindezt annak érdekében, hogy megpróbálják meghatározni a vizsgálat tárgyának teljes spektrumát. „A TGen tudósok sikerének útjában mindmáig az idő állt.” – mondta Dr. Edward Suh, a TGen vezető befektetési igazgatója. „A 64 bites SGI számítástechnikai eszköz lehetővé teszi a TGen kutatók számára, hogy képességeiknek megfelelően kielégítsék az adatvizsgálatokhoz elengedhetetlen szükségleteiket, valamint elősegíti az időben kifejlesztett és egyben hatékony felfedezéseket az egészségesebb emberi életért.” Malaysia Genome Institute (Malajziai Génállomány Intézet) A Malaysia Genome Institute (MGI) egy nemzetközi kapcsolatokkal rendelkező, hálózat alapú szervezet, amely trópusi bioerőforrásokon végez kutatásokat olyan projektekben, mint a génkészlet-rendszerezés, a komparatív és funkcionális genomika valamint a szerkezeti biológia. Több, nagy kutatóprojekt fut jelenleg az MGI-nél, mint például a Mikrobiológiai Génkészlet-tudományi Kutatás a Gének és a Természetes Termékek Felfedezéséért, amely két mintaorganizmusra összpontosít: a Burkholderia pseudomallei-re, ami egy helyi fontos föld patogén és az Eimeria tenella-ra, amely egy helyi madárprotozoa. A projekt felhasználja az SGI megoldását arra, hogy elemezzék az organizmusok génállományait, így nyerve új bepillantást a virulencia, az antibiotikumokkal szembeni ellenálló-képesség, a gazdaspecifikusság és a fertőzésveszély területeibe. Az MGI-nél 2007. júliusában bevezetett hibrid számítástechnikai megoldás - amely SGI® Altix® XE 1200 klaszterekből, egy SGI® Altix® 4700 osztott-memóriás szerverből, valamint egy SGI® InfiniteStorage CXFS™ SAN osztott fájlrendszerből áll, - átláthatóvá teszi a felhasználó számára a teljes munkafolyamatot az alkalmazott software-től, illetve a tudósok által végzett folyamat szakaszától függetlenül. „A bioinformatika összekapcsolja a hatalmas mennyiségű szisztematikus biológiai adatot az analitikus elméletekkel, valamint a matematika és számítástechnika gyakorlati eszközeivel.” – mondta Mohd Noor Mat Isa, a Malaysia Genome Institute laboratóriumi menedzsere. „Az SGI olyan hibrid architektúrával ellátott flexibilis számítástechnikai munkabázist szolgáltat az összes bioinformatikai alkalmazásunkhoz, amely ötvözi a gyors adatfeldolgozási sebességet, a magas teljesítményt és az FPGA alapú megoldásokat. Az SGI egy rendszer, amely az optimális teljesítményre hangolt környezetben tökéletesen futtatja az alkalmazásokat.” China National Human Genome Center A Schistosoma japonicum, avagy vérmétely, évezredekig fejlődött, és egyike azon jelentős parazitáknak, amely a fajok széles körére jelent veszélyt, beleértve a főemlősöket, a rágcsálókat, a húsevőket és az embereket. Az elmúlt pár évben Kína keleti és déli tavaiban, valamint folyóiban egyaránt találtak Schistosoma japonicumot. A Shanghai-i China National Human Genome Center (CHGC) az SGI® RASC™ technológiáját, a Mitrionics által kifejlesztett, gyorsított verziójú BLAST-n (Basic Local Alignment Search Tool for nucleotides) software-t és egy SGI® Altix® szerver platformot használ arra, hogy tanulmányozza a parazita fejlődését, fejlessze a betegség korai stádiumú diagnosztizálását, és hogy létrehozzon egy hatékonyabb gyógyszert a megbetegedés gyógyítására. A CHGC az SGI RASC bioinformatikai alkalmazásával és az SGI InfiniteStorage 350 tároló megoldások használatával kifejlesztett egy vérmétely génállomány rendszerezést. A CHGC tudósai rövid lekérdezési időt értek el az SGI InfiniteStorage 350-nel, amely biztosítja, hogy a CHGC kutatás révén előállított adat - mely több száz Gigabyte-ot tesz ki - egyszerre legyen védett és elérhető, így tökéletesítve a vizsgálat folyamatát. „A eredmények eléréséhez szükséges idő csökkenése elengedhetetlen feltétele sikerünknek. A vérmétely génállomány kutatás révén 300 millió alappárt tanulmányozhatunk és hatszor, hétszer több számítást végezhetünk minden egyes lépéssel. A hatalmas osztott memória és az SGI RASC, valamint SGI szerverek és tároló rendszerek könnyű használhatósága lehetővé teszi tudósaink számára, hogy az eredmények gyors elérésére összpontosítsanak anélkül, hogy értékes időt töltsenek bonyolult számítógépes ismeretek elsajátításával.” – mondta a CHGC bioinformatikai részlegének igazgatója. SGI RASC Bioinformatikai Alkalmazásokon futó Mitrion gyorsított BLAST-n hatalmas lekérdezéseket képes akár 19-szer gyorsabban végrehajtani, mint egy AMD Opteron 8820 SE processzor által kínált single-core klaszter, és a kisebb lekérdezéseket előállító futtatások ezreit pedig akár 60-szor gyorsabban képes végrehajtani. Az angol nyelvű cikk megtalálható itt: http://www.sgi.com/company_info/newsroom/press_releases/2008/april/tgri.html